贯善生物自主开发二三代混合组装软件 AssembleSAT3.0
- 广州贯善生物科技有限公司2016年11月16日 13:38 点击：1469
我司生物信息分析工程师王博借鉴国内外经验，历时两年自主开发了“Assemble SAT3.0” 二三代混合组装软件。该应用软件在基因组杂合度>0.5%或重复序列>50%的二倍体物种或多倍体物种进行从头测序并进行拼接、组装，对比SOAPdenovo2，在计算时间和内存空间的消耗同等情况下，组装质量提高10%。
王博介绍，二三代混合组装软件已成为动植物基因组组装的重要一环。近年来，动植物基因组组装数量井喷式上涨。至今国外内组装的动植物基因组数据已超300个，覆盖人、大鼠、小鼠、拟南芥、斑马鱼等物种。
王博同时提到Assemble SAT3.0软件是一个综合的平台，包括算法、软件和策略。
多组测序数据的测试表明：贯善自主开发二三代混合组装软件Assemble SAT3.0，实现对三代进行自纠错组装纠错数据（纯三代组装）；二代数据组装；二三代联合组装；三代数据构建scaffold，二代数据构建scaffold；二代数据补洞等功能。
复杂基因组组装策略
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