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宏基因组测序
宏基因组测序对环境样本所有微生物基因组DNA进行提取和高通量测序，分析样本环境中所有微生物基因组信息。宏基因组测序解读微生物群体的多样性与丰度信息，分析微生物群体基因组及功能，也探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的功能基因。
一、技术流程
二、生物信息分析内容
1. 测序质量分析与统计、评估
2.数据库比对；
3. 物种丰度分析；
4. 功能基因注释；
5. 基因功能丰度差异分析；
6. Pathway富集分析；
7.丰度差异基因/物种聚类分析
8. PCA分析
三、结果展示
1.数据库使用
数据库 | 网页链接 |
NCBI NR | ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db |
KEGG Pathway | http://www.kegg.jp |
2.版图展示
图1.1所示，PCA分析有效展示样本间的关系
图1.1 PCA
四、样本要求
总量：〉5 μg gDNA；浓度：〉100 ng/μL；260/280：〉1.8
