Affymetrix基因芯片平台介绍
应用:
利用Affymetrix基因芯片平台可以进行如下工作：
1 基因表达谱分析
2 遗传基因连锁分析
3 疾病易感基因分析
4 Chip-On-chip分析
5 DNA甲基化分析
6 基因组测序分析
7 DNA缺失和扩增分析
目前利用Affymetrix公司基因芯片技术发表的科学论文近1万篇，而且数以百计的论文发表在《Science(科学)》、《Nature(自然)》、《Cell(细胞)》、Plant Cell、新英格兰医学杂志等世界最高级别的学术刊物上。
Affymetrix基因芯片平台(The GeneChip Scanner 3000 System)主要由3部分组成：
1 The GeneChip Scanner 3000基因芯片扫描仪和GeneChip Operating Software (GCOS)数据分析软件的电脑
荧光PE标记后的DNA样品与芯片上的DNA探针进行杂交,通过激光器激发,光电倍增器检测荧光,通过电脑软件分析获得DNA样品与芯片上对应的信息,例如:核酸序列,DNA探针浓度等.
结构组成:由芯片进样仓,扫描控制器和488nm氩离子激光器组成,光电倍增器(PMT).预装分析软件的电脑
2，Fluidics Station 450, 洗涤工作站
杂交处理的DNA芯片经过洗涤工作站处理，将没有杂交的DNA探针从芯片当中去除,减少错配的探针干扰.
组成:4组独立控制的液体流动泵和液体循环管路，以及废液回收处理部分组成.
3，Hybridization Oven 640, 杂交炉
将加入探针的芯片在一定的温度和一定转速的杂交炉中进行处理.使加入的样品充分与芯片的核酸探针进行有效反应.
组成:电动马达,芯片仓,温度控制器，电热加热管。
芯片和试剂:
Affymetrix推出了全面分析人、小鼠、大鼠全部exon表达的基因芯片,有助于人们分析同一个基因在不同生长发育阶段或不同生理病理下或不同组织器官中或不同细胞类型中的所表达的转录本(剪接体),这将可以更精确地解释基因在特定生理或病理状态中的功能.
Affymetrix也推出了人、小鼠、酵母、线虫、果蝇、拟南芥的TILING芯片.TILING芯片可以分析基因组DNA上所有可以被转录的部分,用来发现新转录本.Tiling芯片还可以扫描基因组DNA的甲基化修饰位点,扫描染色质修饰位点,寻找转录因子结合位点以分析转录因子可以调控的基因。
Affymetrix推出了SNP6.0芯片，2009年又推出DMET芯片和Cytogenetics芯片。
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