当HiSeq 2000遇到SOLiD 4
- 互联网2010年9月20日 11:06 点击：2531
Illumina和ABI竞相对现有的系统进行升级，同时也在不断开发新系统，争取占领更大的市场。罗氏则一直默默无闻，可能正在紧锣密鼓地开发，说不定哪天就推出一台让人耳目一新的系统。Illumina目前拥有三种测序平台，分别为HiSeq 2000、Genome AnalyzerIIx和Genome AnalyzerIIe。ABI则主要是SOLiD 3和SOLiD 4，单分子测序仪将会在今年下半年启动早期试用。
HiSeq 2000与SOLiD 4分别作为两家公司目前最先进的系统，究竟谁才是新一代测序仪强中强？让我们先来看看这两台仪器的系统参数吧。
SOLiD™ 4系统参数*
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通量
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利用SOLiD™ ToP试剂，每次运行可得到最多100 GB可作图的序列或14亿个读取
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文库类型
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· Mate-paired文库
· Paired-end文库
· 片段文库
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起始材料类型
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从血液或单细胞中分离而来的DNA或cDNA，RNA，BAC，质粒，fosmid，组织（高肿瘤载量）和PCR产物
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起始材料的量
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起始材料的所需量因应用而异
· Mate-paired文库为10 ng到5 μg
· Paired-end文库为10 ng到5 μg
· 配对文库为5 μg到20 μg
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玻片配置
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单个样品：每个流动槽1-8个
多重样品：每次运行最多1536个
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流动槽
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2个独立的流动槽
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系统准确性
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因为双碱基编码，准确性高于99.94%
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共有碱基准确性
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在15倍覆盖度下的准确性高于99.999%
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碱基质量
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超过80%的碱基>QV 30
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多重性
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目前有96个DNA和48个RNA的条形码
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分析
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· SAM和BAM形式输出
· 先进的信息学让可作图的读取增加20%，且原始准确性的减少低至平均值1%
· 可定制的应用分析，有着全面的生物信息学分析框架进行灵活的数据审查
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* 参数可能会变化。
HiSeq 2000的初步性能参数
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读长
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运行时间
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产量
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1×35 bp
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~ 1.5天
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26-35 GB
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2×50 bp
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~ 4天
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75-100 GB
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2×100 bp
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~ 8天
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150-200 GB
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通量
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2×100 bp运行，每天多达25 GB
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读取
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最多20亿个paired-end读取
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服务与支持
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Illlumina将确保HiSeq 2000正确安装，并不断提供维护和服务。在北美、欧洲和亚洲均有这种行业领先的支持。
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从通量这个最直观的数字看来，HiSeq 2000以200 GB领先于SOLiD 4。以往一直是SOLiD系统遥遥领先，现在Illumina总算打了个翻身仗。通量上升了，测序费用自然下降。研究人员利用HiSeq 2000以30倍的覆盖度对两个人类基因组进行测序，每个基因组的费用不到1万美元。HiSeq 2000的读长也已经上升到了100 bp。
不过，就系统准确性而言，SOLiD 4似乎更胜一筹。双碱基编码固有的错误核对性质，以及原始错误率的下降，提供了高度准确的数据，其中80%以上的碱基有着>30的质量值。这种无以伦比的准确性是系统固有的，能让用户获得更低的假阳性率。
从目前的销售情况来看，Illumina胜出。在HiSeq 2000刚上市时，华大基因就一次订购了128台。这是Illumina迄今为止签下的最大一笔。而SOLiD系统因上市较晚，也错过了一些机会。据Illumina官方统计，目前市场上已安装的新一代测序仪总数逾1500台。
因这两台仪器都是刚上市，故我们手头也没有详尽的资料将两者一一对比，以后会慢慢补充。新一代测序这场竞赛，Illumina暂时领先。但这只是个开头，谁也猜不中结局。随着单分子测序仪的不断上市，竞争将日趋白热化。测序仪，没有最好，只有更好！
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