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单细胞ATAC测序分析服务
单细胞ATAC测序分析服务
  • 单细胞ATAC测序分析服务

单细胞ATAC测序分析服务

产品报价:询价

更新时间:2020/7/3 18:00:46

地:广东

牌:广州竞远

号:Y-L3

厂商性质: 服务型,

公司名称: 广州竞远生物科技有限公司

产品关键词: Single Cell ATAC-seq   单细胞ATAC测序分析服务   高通量测序  

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Single Cell ATAC-seq
单细胞ATAC测序分析服务ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing)是基于高通量测序的染色质开放性研究,染色质开放区域是染色质中呈松散状态、可发生DNA复制和基因转录的区域,ATAC-seq(单细胞ATAC测序分析服务)使用改造 Tn5转座酶,捕获染色质开放区,将测序接头引入开放染色质的两端,用于表观遗传、基因调控研究。ATAC-seq (单细胞ATAC测序分析服务)与其他染色质开放性检测技术相比,具有操作简单、省时省力、无需抗体富集、样本起始量低等显著优势。
图1 ATAC-seq技术原理[1]

单细胞测序技术优势
单细胞测序技术作为微量细胞、稀少样本、细胞异质性的完美解决方法,自技术推出以来,已广泛应用于肿瘤、免疫、发育、神经、微生物等研究领域。细胞异型性是细胞之间的重要差异,仅使用组织样本进行二代测序,会掩盖样本的真实结果,无法进行细胞层面的研究。如下图所示,进行组织层面的测序,三个样本之间并无差异,但其实样本中存在不同表达状态的细胞,只有使用单细胞测序,才能揭示样本的真实情况,精准研究细胞异质性。

图2 细胞异质性

单细胞ATAC技术原理
拥有75万种不同的barcode凝胶珠(barcoded gel beads),基于其核心的微流控技术形成油滴包裹的GEM(Gel Beads-in-emulsion),每个GEM中只包含一个核和一个特定序列的barcode凝胶珠,一个特定barcode序列标记一个细胞核的所有序列,因此可通过barcode序列追溯细胞来源。
实验流程
转座酶处理:使用改造Tn5转座酶,捕获染色质开放区,将测序接头引入染色质开放区的两端。
细胞核标记:将Tn5转座酶处理后的样本加入10x芯片,利用barcode标记细胞来源,形成油滴包裹的GEM。
文库构建:基于Tn5转座酶引入的测序接头构建文库。


 图3单细胞ATAC技术原理 

单细胞ATAC优势
低成本:每个细胞成本远远低于传统单细胞测序、组织测序;
短周期:1h即可完成Tn5转座酶对染色质开放区域的切割;
高通量:7min即可完成1,000-80,000个细胞核的标记;
大数据:可获得多至万个细胞的数据,不依赖于抗体捕获,全面性研究染色质开放区域;
专业软件:配套官方可视化软件。

应用方向


研究领域应用范围广——干细胞、发育分化、肿瘤、免疫、神经系统等。

分析内容
基于染色质开放区域和转录因子motif富集进行细胞的分群和鉴定;
分析转录起始位点和调控区域;
比较不同细胞的染色质开放程度差异。

图4 单细胞ATAC部分分析内容展示
参考文献:
 [1] Buenrostro Jason D,Giresi Paul G,Zaba Lisa C et al. Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position[J]. Nat.Methods, 2013, 10: 1213-8.