2003年底，经教育部批准，鄱阳湖生态环境与资源研究重点实验室以省部共建形式组建。实验室以省鄱阳湖综合治理与资源开发重点实验室、省亚热带植物资源保护重点实验室、省绿色化学重点实验室、江西师范大学理化测试中心等研究机构为主要支撑，联合中国科学院、省山江湖办、香港中文大学、美国密西根大学等海内外科研团队，共同打造多学科、开放性、综合性的鄱阳湖研究国际交流与合作平台。自组建以来，实验室先后承担了一批国家级重大项目，取得了一批重大科研成果，汇聚了一支稳定的科研队伍，较好地完成了建设期的各项任务。