来宝网Logo

热门词:生物显微镜 水质分析仪 微波消解 荧光定量PCR 电化学工作站 生物安全柜

现在位置首页>技术资料首页>行业动态>新品动态>解析|高通量测序技术是如何应用于新冠病毒研究的

解析|高通量测序技术是如何应用于新冠病毒研究的

上海翊圣生物科技有限公司2020年2月19日 10:32 点击:1157

解析|高通量测序技术是如何应用于新冠病毒研究的

新型冠状病毒肺炎确诊人数还在增加,疫情牵动人心,截止到2月13日16:00,全国已有确诊病例59888例,疑似病例16067例。

1582012822(1).jpg 

高通量测序技术又称“下一代”测序技术,以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。因其高通量、不依赖于已知核酸序列和具有更高的灵敏度,在新型冠状病毒的鉴定、分型、溯源、诊断等方面都展现了重要作用。我们现罗列疫情以来,NGS技术在新冠病毒研究方面的应用,以飨读者。

NGS应用于COVID-19的病原鉴定

2019年12月中旬以来,中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、中国科学院武汉病毒研究所[1]、中国疾控中心、山东第一医科大学、湖北省疾控中心等机构都先后通过全基因组测序等技术,获得了病毒全基因组序列,确认了病原为以前未知的 β 冠状病毒。中国1月10日公布了新冠状病毒的完整基因组序列。NGS在新型冠状病毒的鉴定中发挥了重要作用。

NGS应用于COVID-19的病毒溯源

中国疾控中心、山东第一医科大学等机构的研究人员通过高通量测序发现,SARS-CoV-2与2018年在中国东部舟山发现的两种蝙蝠相关冠状病毒ZC45和ZXC21密切相关,同源性约为88%。相比之下,SARS-CoV-2与SARS-CoV和MERS-CoV的亲缘关系更远,同源性分别为79%和50%[2](图1)。

1582012868(1).jpg 

1.SARS-CoV-2及β冠状病毒属代表性病毒的系统进化分析。(图片来自原文)

 

石正丽团队对5位患者肺泡灌洗液进行 mNGS 测序,87.1%的去人源后 reads 比对,之后用 targeted PCR 和从头组装得到完整的SARS-CoV-2病毒全长序列(29891 bp),整个序列与 SARS-CoV 的相似性在79.5%[3]2月7日,华南农业大学官方网站发布消息称,华南农业大学、岭南现代农业科学与技术广东省实验室分析了1000多份宏基因组样品,发现穿山甲分离到的病毒株与目前感染人的毒株序列相似度高达99%。提示穿山甲为此次新型冠状病毒潜在中间宿主。NGS为揭示病毒传播途径与追溯传染源头提供支撑。

NGS应用于COVID-19的病原学诊断

基因测序是能够动态追踪病毒变异的唯一方法。高通量测序通过文库制备、上机测序与数据比对分析,能够及时发现病毒是否变异。新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案(试行第五版)》阐述的病例确诊方式就包括“呼吸道标本或血液标本病毒基因测序,与已知的新型冠状病毒高度同源”,相较于RT-PCR检测,基因测序能够动态监测病毒变异,在准确性和通量上也具有优势。

翊圣生物提供NGS建库解决方案

考虑到病原体随时会有变异可能以及阳性检出率问题,NGS技术无疑会弥补这一缺陷,制备高质量的RNA文库至关重要,翊圣生物深耕NGS多年,可以提供基于MGI & Illumina平台的高效建库试剂盒。

依据现有的技术流程,翊圣生物提供以下三种解决方案

QQ图片20200218160302.png 

1582013274(1).jpgQQ图片20200219095343.png





















































QQ图片20200219103119.png

(来源: 上海翊圣生物科技有限公司


全年征稿 / 资讯合作

联系邮箱:kefu@labbase.net

版权与免责声明

  • 凡本网注明“来源:来宝网”的所有作品,版权均属于来宝网,转载请必须注明来宝网, http://www.labbase.net,违反者本网将追究相关法律责任。
  • 本网转载并注明自其它来源的作品,目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点或证实其内容的真实性,不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。其他媒体、网站或个人从本网转载时,必须保留本网注明的作品来源,并自负版权等法律责任。
  • 如涉及作品内容、版权等问题,请在作品发表之日起一周内与本网联系,否则视为放弃相关权利。