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翊圣推出华大MGI平台整体解决方案

上海翊圣生物科技有限公司2019年12月4日 9:02 点击:1501

翊圣推出华大MGI平台整体解决方案

“基因科技,造福人类”是华大基因坚持不变的使命,近几年随着华大技术的不断突破,测序平台的不断完善,华大基因已经成为国产高通量测序仪的中坚力量。

QQ图片20191204085216.png

 

“国产试剂,助力中国智造”,致力于成为分子酶产业创新引领者,翊圣生物一直保持对高通量测序技术的高度关注,并长期专注于分子酶原料及建库试剂盒等产品研发和生产,加上与华大平台的密切合作,现推出华大平台建库的完整解决方案,可满足主流的测序应用。

 

QQ图片20191204085553.png

 

解决方案part1

Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI®

——全能型DNA建库试剂盒,建库试剂“终结者”

★适用样本类型广: cfDNAFFPE在内的所有样本均能获得优异文库

★应用范围广:应用于全基因组测序、靶向捕获测序、Chip-seq

★两大秘密武器:极高效连接酶与强扩增效率高保真酶

★品质稳定:严格的批次性能与稳定性质控

数据展示:

113310建库试剂盒适用于不同样本,均可高效建库

Template

1 ngcfDNA

50 ng—小牛超声

10 ngFFPE超声

建库试剂

小样

对照

小样

对照

小样

对照

Cycles

13

8

10

Concentration

(ng/μL)

32.6

29.6

30.2

30.4

87.6   82.8

82.6   79.0

59.6   68.0

50.4   53.6

Average

31.1

30.3

85.2

80.8

63.8

52.0

Total(ng)

995.2

969.6

2726

2585

2041

1664

2)使用13310建库试剂可获得高质量的测序数据

全基因组测序(WGS

样本信息:human cell line N12878

试剂盒:Yeasen机械Vs MGI demo

测序类型:MGISEQ-2000  High-throughput Sequencing Set (PE 150)

数据分析:MegaBOLT+GATK

结论:Yeasen机械法建库试剂,上机测试结果与华大demo相比,SNP变异检测性能一致,INDEL变异检测性能更高。


Yeasen-超声约150ng

MGI-demo

1-1

1-2

2-1

2-2

Raw bases (bp)

92238502500

86419274400

95887631200

95354400400

GC content (%)

41.19

41.16

41.55

41.56

Clean  Q20 (%)

95.615

95.53

97.13

97.115

Clean  Q30 (%)

86.475

86.285

89.915

89.925

Mapping rate (%)

99.42

99.41

99.36

99.33

Duplicate rate (%)

0.83

0.79

2.5

2.51

snp_Precision

0.9989

0.9987

0.9988

0.9986

snp_Sensitivity

0.9905

0.9918

0.9816

0.9854

snp_F-measure

0.9947

0.9952

0.9901

0.992

indel_Precision

0.9459

0.9431

0.932

0.9322

indel_Sensitivity

0.9189

0.9105

0.8766

0.8759

indel_F-measure

0.9322

0.9265

0.9034

0.9032

 

解决方案part2

Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®

——酶切法建库试剂盒,引领酶切“一步法”

★操作简便:样本片段化到接头连接,一管内完成;

★高效的片段化酶:偏好性极低,完美替代转座酶法建库;

★投入量范围广:500 pg-1 μg DNA样本实现稳定建库;

★试用样本多:基因组DNA、全长cDNAFFPE DNA样本

 

数据展示:

1)高效酶切,酶切产物片段大小只与酶切时间有关,与样本的投入量和样本的GC含量均无相关性

 

QQ图片20191204085813.png


2)适用多样本建库,不同投入量,酶切均可高效建库

Template

500pg  小牛

2ng-小牛

100ng-小牛

5ng-FFPE

10ng-FFPE

建库试剂

小样

对照

小样

对照

小样

对照

小样

对照

小样

对照

Cycles

14

11

7

11

11

Concentration

(ng/μL)

14.0

17.5

17

16.6

114

93.8

22.6

17.3

34.0

31.2

Total(ng)

448

560

544

531.2

3648

3001.6

723.2

553.6

1088

998.4

3)酶切建库可获得高质量测序数据

全基因组测序(WGS

样本信息:human cell line N12878

试剂盒:Yeasen酶切法Vs Enzy* 酶切

测序类型:MGISEQ-2000  High-throughput Sequencing Set (PE 100)

数据分析:MegaBOLT+GATK

结论:Yeasen酶切法建库试剂盒对比Enzy* 酶切法建库,SNP变异检测性能更强,INDEL变异检测性能更高。


Yea-50ng-酶切

Enzy-50ng-酶切

3-1

3-2

4-1

4-2

Raw bases (bp)

109966280700

101567894100

90543565800

107930258600

GC content (%)

41.17

41.23

40.43

40.25

Clean Q20 (%)

98.205

98.315

98.405

98.36

Clean Q30 (%)

92.66

93.005

93.425

93.255

Mapping rate (%)

99.55

99.57

99.58

99.56

Duplicate rate (%)

2.49

2.8

2.32

2.63

snp_Precision

0.9988

0.9987

0.9975

0.9978

snp_Sensitivity

0.9905

0.988

0.9819

0.9839

snp_F-measure

0.9946

0.9933

0.9897

0.9908

indel_Precision

0.913

0.9091

0.8888

0.89

indel_Sensitivity

0.9026

0.8911

0.8477

0.8639

indel_F-measure

0.9078

0.9

0.8678

0.8768

解决方案part3

 

Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®

——高效环化试剂盒,兼容主流建库试剂

★适用范围广:兼容主流建库试剂盒(KAPA、华大等)

★快速环化:1小时快速环化,产物满足DNB制备

★环化效率高: cfDNA环化效率>30%,其它样本>40%

★品质稳定:严格的批次性能与稳定性质控

QQ图片20191204090138.png 

 

 

 

 

 

 

 

解决方案part4

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

——兼容常规链与链特异性建库试剂盒,mRNA建库“一盒双用”

★样本适用范围广:耐高温,适合复杂模板 mRNA 建库;

★片段化可控: 片段大小均可选择合适的打断条件;

★文库质量优异: 多样本类型测试,结果均能满足不同客户需求;

★测序质量优异: rRNA 残留更低,有效数据占比更多。

 

 

解决方案part5

Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®

配套接头——满足96种样本数据的拆分

 

Hieff NGS® DNA Selection Beads

精准分选——完美替换AMPure XP

 

dsDNA HS Assay Kit for Qubit®

双链DNA定量神器——5min精确定量文库

 

更多详情请点击了解

产品信息

产品信息

名称

货号

规格

全能型建库试剂盒

Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI®

13310ES08/16/96

8/16/96T

酶切法建库试剂盒

Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®

13321ES08/16/96

8/16/96T

mRNA建库试剂盒

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

13331ES08/16/96

8/16/96T

环化试剂盒

Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®

13341ES08/16/96

8/16/96T

rRNA去除试剂盒

Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

12253ES08/24/96

8/24/96T

接头

Hieff  NGS® Complete Adapter Kit for MGI®

13360-62

4/16/100T

磁珠

Hieff NGS® DNA Selection Beads

12601ES08/56/75

5/60/450mL

Qubit定量

dsDNA HS Assay Kit for Qubit®

12640ES60/76

100/500T

 


(来源: 上海翊圣生物科技有限公司


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